１　政府は、２０２５年３月７日、「国の特別の機関」とされている現在の日本学術会議（以下、「学術会議」という。）を廃止し、国から独立した法人格を有する組織としての特殊法人「日本学術会議」（以下、「新法人」という。）を新設すること等を内容とする日本学術会議法案（以下、「法案」という。）を閣議決定し、衆議院に提出した。同法案は、同年５月１３日に衆議院本会議で可決され、現在、参議院において審議中である。
　しかしながら、法案は、以下に述べるとおり、学術会議の独立性・自律性を大きく損なうおそれがあり、憲法２３条が保障する学問の自由の観点から重大な問題がある。

２　現行法は、学術会議が科学に関する重要事項を審議し、その実現を図ること等の職務を「独立して」行うと定め（法３条）、会員の任命については、学術会議が「優れた研究又は業績がある科学者」から候補者を選考して推薦し、内閣総理大臣がこれを任命するが（法１７条）、内閣総理大臣による任命は形式的なものであるとするのが従来の政府解釈である（昭和５８年５月１２日参議院文教委員会における中曽根康弘内閣総理大臣及び政府委員答弁ほか）。さらに、会員の辞職・退職には学術会議の同意ないし申出が必要とされるなど（法２５条、２６条）、徹底した人事の自律性が認められている。
　しかし、法案においては、学術会議が職務を「独立して」行うという現行法３条の文言が踏襲されず、外部の介入を許容する仕組みが多数盛り込まれている。具体的には、会員以外の者から会長が任命した科学者を委員とし、会員の選定方針等について意見を述べる選定助言委員会（法案２６条）、会員以外の者から会長が委員を任命し、新法人の組織の管理・運営などについて意見を述べる運営助言委員会（法案２７条）、内閣府に設置され、内閣総理大臣が委員を任命し、新法人の中長期的な活動計画の策定や自己点検評価等に対し意見を述べる日本学術会議評価委員会（法案５１条）、内閣総理大臣が任命し、新法人の業務を監査し調査する等の権限を有する監事（法案１９条）、という各機関の設置である。これらの機関は、政府を含む外部の介入を広く可能にするもので、学術会議の運営の独立性が損なわれるおそれがある。

３　また、新法人の会員の選任については、「優れた研究又は業績がある科学者」のうちから選任されるが（法案９条２項）、候補者の選考は外部委員からなる選定助言委員会の意見を聴取して選定方針を作成するものとされ（法案２６条、３１条４項）、「会員、大学、研究機関、学会、経済団体その他の民間の団体等の多様な関係者から推薦を求めることその他の幅広い候補者を得るために必要な措置を講じなければならない」とされ（法案３０条２項、附則７条３項）、諸外国の多くのナショナル・アカデミーが採用している標準的な選考方式であるコ・オプテーション（現会員が会員候補者を推薦する方式）による選考方式が損なわれるおそれがある。
　さらに、新法人発足時の新会員については、現行の学術会議の推薦に基づいて内閣総理大臣が会員予定者１２５名を指名すると定められているが（附則３条１項）、その会員予定者を選考する候補者選考委員会の委員を会長が任命するにあたっては、内閣総理大臣が指名する有識者と協議しなければならないとされ（附則６条５項）、新会員の選考は、現行会員の推薦に基づくものではなくなるおそれがある。また、新法人発足時に任期を残している現会員は、新法人の会員となるとされるものの３年後に再任されることはない（附則１１条）。したがって、上に述べた選考方法により、新法人は現行の学術会議との連続性が遮断されてしまい、時の政治権力から独立した立場で政府に政策提言や勧告等を行うという、学術会議の在り方が継承されなくなる大きな懸念がある。

４　また、新法人の財政基盤に関しては、これまで国の「特別の機関」とされてきた学術会議を特殊法人にすることにより、政府が予算の範囲内において必要と認める金額を補助することができるとするにとどめており（法案４８条）、その結果として、ナショナル・アカデミーとしての安定した財政基盤を維持するための国家財政支出が確保されなくなることも危惧される。
　以上のような内容の法案は、学術会議の独立性・自立性を大きく後退させ、学問の自由を侵害しうるものである。

５　当会は、２０２０年１０月１日に学術会議が新会員として推薦した研究者６名が当時の内閣総理大臣によって任命拒否された際、「日本学術会議会員候補者の任命拒否に抗議する会長声明」において、日本学術会議の独立性保障、ひいては学問の自由を保障する観点から、当該任命拒否に強く抗議した。
　しかし、政府は未だに任命拒否の理由を示しておらず、当該会長声明で指摘した問題点は現在も是正されていない。このまま現行学術会議を廃止して新法人を発足させることは、任命拒否問題を糊塗する行為にほかならず、到底容認することはできない。
　よって、当会は、学術会議の独立性・自律性を大きく損なうおそれのある法案に反対するとともに、２０２０年１０月の学術会議会員候補者６名の任命拒否を是正してその正常化を図ることを強く求める。